.... nop... haber, por partes.
1) no es conveniente manejes un value como matriz, ten en cuenta que el value será el que diferencié uno de otro checkbox. En todo caso quizá quieras poner el name como matríz... pero no por generarlos dinámicamente es obligatoria hacerlo así.
2)... Para recojer una matriz puedes usar foreach() (recomendable) ó hacerlo con un bucle común pero de la forma $_POST['name_matriz'][$i]
3)... El valor del checkbox se lo dás desde que lo imprimes en HTML con el atributo "value"... ve el ejemplo que dejé.
www.php.net/foreach y busca en las FAQ ...
Edito: He editado el ejemplo para ver si queda un poquito más claro