al final lo he solucionado así:
oOption = window.opener.document.createElement("OPTION");
lista.options.add(oOption);
oOption.value = valor;
el problema es que la opcion hay que crearla en la ventana padre, es decir,
oOption = document.createElement("OPTION"); no es válido. También he usado otra forma para añadirlos (
lista.options.add(oOption);)
Gracias de todas formas.