A ver ...
Tengo tu solucion, porque tengo corriendo MySQL en W2k. Lo que pude entender sobre el post que estas haciendo es lo siguiente: tenes access y vas a migrar a MySQL ? si es asi, no hay ningun problema con eso, pero no se porque me nombras access y mas tarde haces un donwload de MySQL for W2k. Sobre todo cuando te referis a: "...
Estoy trabajando en plataforma windows 2000 en una web php que accede a una base de datos Access y para ello, necesito dos cosas:
Un servidor mysql y un controlador OBCD."
El ODBC lo necesitarias para que PHP puediera acceder a Access, MySQL es de por si un RDBM (Administrador de Bases de Datos) muy importante a la hora de trabajar sobre aplicaciones TCP/IP y muuuuyyyyy integrado en PHP. De ahi el Team PHP+MySQL y viceversa.
Por otro lado, no se cual puede ser el problema de acceso a esos ports que nombras, podes usar esta herramienta en W2k:
Fport.exe (<a href='ir.asp?http://www.foundstone.com' target='_blank'>http://www.foundstone.com...</a>) te muestra los ports abiertos/usados con su respectiva aplicacion corriendo.
Saludos.