El tag con el que ejecutas el flash en la pagina html.
Aunque son muy similares, la forma de ejecutar flash en Netscape/Mozilla/Firefox es distinto que el de ejecutar flash en Internet Explorer
Código:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="32" height="32">
<param name="movie" value="archivo.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<embed src="archivo.swf" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="32" height="32"></embed>
</object>
Fijate que "archivo.swf" se repite dos veces, asi como los tags de "width", "height", etc. Es por que una parte del codigo es usada por IExplorer para reconocer el plugin y la otra por el resto de navegadores.
Deberás poner correctamente el tag de transparencia en ambos códigos para que todo funcione bien. Ahora mismo no me acuerdo cual es :(
En fin, suerte, espero qeu te valga de algo.