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[neowebmaster]

Si lo que quieres es que salga un mensaje de pregunta de esos con Aceptar o Cancelar se hace con confirm(pregunta) y te devolvera true o false segun que presione:

resp = confirm("2 + 2 = 4?")

Una vez tenemos la respuesta del usuario podemos hacer la condicional para saber que ha respondido y actuar en consecuencia:

if (resp == true)
{alert("Estupendo!! Eres un as de las sumas!!";}
else {alert("Creo que deberias de ver menos la television...";}

Supongo que si sabes PHP no hace falta que te explique nada mas...

En cuanto a que haga algo mas si dice que si, pues llama a otra funcion, y si dice que no, pasa de el, esto es ya con el codigo algo optimizado (supongo que con tu nivel en PHP esto no es problema pa ti):

if ( confirm("Quieres que haga algo??") ) {algo();}

Ta otra.