Con el VS.NET 2003 sólo podrás trabajar con la versión 1.1, si existe otra versión diferente a esa, no podrás depurar tus aplicaciones (ésto más se nota en aplicaciones web), por otro lado si quieres aprovechar lo nuevo que trae el .Net Framework 2.0 te sugiero que uses las versiones express del Visual Studio.
Al momento de distribuir tus aplicaciones puedes hacer uso de archivos de configuración para definir con que versión quieres que corra la aplicación, esto lo puedes hacer con el elemento
<supportedRuntime>:
Código HTML:
<configuration>
<startup>
<supportedRuntime version="v2.0.50215"/>
</startup>
Para obtener la versión del Framework con el que actualmente está corriendo tu aplicación puedes hacer uso de System.Environment.Version.