hagamos una analogia si fueras doctor y herramientas fueran linux
*nota: yo uso ubuntu basado en debian +Gnome*
Tus rayos X serian el entorno grafico puedes ver casi todo y hacer casi todo de forma grafica muy simple desde instalar nuevos paquetes (Synaptic) navegar en internet usar chat email cosas asi puedes administrar algunas cosas como por ejemplo usuarios themes y un largo ETC (Nada que envidiarle al Panel de control de Windows)
Tu Maquina de resonancia magnetica seria la consola desde aqui con un poquitin de conocimiento y valor (Al principio me dava miedo usar sudo make install :P lol) puedes hacer de TODO! y hablo de _TODO_ ... aver pa que me entiendas
TODO! hablo desde creat borar archivos compilar el kernel configuar iptables instalar software (apt-get)
Te digo al menos en ubuntu (es mi primer distro que tomo en serio) Puedes hacer TODO desde Gnome claro que despues de un tiempo se te hara mucho mas facil y comodo usar la consola
eso me pasa a mi pero a veces hay cosas con las que me siento mas comodo haciendolo bajo Gnome claro que lo mejor de linux es que Gnome no es la unica opcion estan XFCE KDE CDE y esto se aplica para todo Navegador CLiente de correo TODO :)
mira yo te dejo un screen de mi desktop