Bueno... este es un foro y es más para solucionar dudas concretas que para dar "clases" ó tutoriales... para eso están enlaces como el que muestras y cuya información es bastante amplia.
Te diré que los templates son plantillas, estructuras predefinidas de lo que será el diseño de tu sitio.
Lo que dices de qué poner en el header.html supogo lo dices por lo que sería tu archivo index. Dicho index plantea que tu sitio se compone de tres partes principales: cabecera (archivo header), contenido (lo generas) y pie de página (archivo footer); la estructura común; entonces en una estructura así la cebecera y el pie de página serán los mismos, por eso simplemente los incluyes. Visualmente en este foro la cabecera es el logo de Foros del Web (que cambiará por la celebración), la publicidad de dinahosting y los enlaces de Maetros del Web, Desarrollo web y demás..., el contenido serán todas las consultas/mensajes de tu foro, eso se genera dinámicamente, y el pie de página corresponde de lo que serían las opcines de desplegado hacia abajo.
Cuendo tú te logueas creas una sesión que será válida hasta que la destruyas (ó la limites a un tiempo de vida), entonces para no tener que preguntar por un nick lo almacenas en dichas variables de sesión, así preguntas si existe, sí es afirmativo lo retomas de lo contrario le pides que se loguee...
Te recomiendo visites las FAQ de este foro... allí podrás encontrar temas como lo son el de sesiones... igual hay otro artículo sobre crear un foro (no lo he visto).
Igual tienes la opción de ocupar una Aplicación Prefabricada y ahorrate mucho trabajo... supogo sabrás de phpBB... es por demás conocido/usado.
Espero de algo te hayan servido mis palabras. La mejor de las suertes!
