Debe ser por el binmode, cuando el archivo es binario tenés que especificar (en algunos sistemas operativos) que ese archivo que abriste es binario...
Código:
open (OUTFILE, ">$path1/$fileName") || forma_mensaje("Couldn't copy file to server, make sure directory is Chmoded 777.");
binmode OUTFILE;
while (my $bytesread = read($file, my $buffer, 1024)) {
print OUTFILE $buffer;
}
close (OUTFILE);
Probá con eso, y decime
Saludos