He cambiado window.parent.opener.... por window.opener..... y sigue dándome el mismo error.
Lo curioso es que el código siguiente agrega una opción a la lista sin ningún problema, eso sí, lo agrega si estoy en la misma página, por lo tanto creo que el problema debe estar en añadir la opción desde una ventana hija. También es curioso que el código que falla en IExplorer, funciona en Mozilla:
Este es el código que funciona si se llama desde la misma página donde esta el select:
var longitud = lista.options.length;
valor = "texto";
var option_nueva = new Option(valor);
lista.options[longitud]= option_nueva;
Un saludo y gracias.