Deberías mostrar la estructura de tus tablas...
Suponiendo es esta:
- Tabla secciones:
id
seccion
- Tabla links:
id
link
seccion (campo asociativo)
Entonces:
Código PHP:
<?
// conecto y demás...
$secc= mysql_query("SELEC seccion FROM secciones");
while($row1=mysql_fetch_assoc($secc)) {
echo $row1['seccion']."<br>";
$links= mysql_query("SELEC link FROM links WHERE seccion='".$row1['seccion']."'");
while($row2=mysql_fetch_assoc($links)) {
echo $row2['link']."<br>";
}
echo "<br>";
}

... lo digo "al vuelo"... espero sirva.
Edito: Obviamente si son enlaces debes agregarle las etiquetas correspondienetes y demás... solo muestro como sería la estructura.. para el caso que planteé.