Bájate el patch e interprétalo, para hacer los cambios a mano. Te vienen los nombres de ficheros a editar. Cuando pone una ! al principio es que esa línea cambia, por tanto te viene justo después cómo tiene que quedar. Cuando pone un + o un - es que la línea a la que afecta se tiene que añadir o quitar.
Así lo hago yo y ningún problema, no pierdo los mod