Pues adelante ..
Si tus servidores usan IMAP . .puedes usar las extensiones de PHP para tal fin:
www.php.net/imap
Si usas POP .. puedes ver en sitios como
www.phpclasses.org classes para acceso a servidores POP.
Enviar el e-mail (usar SMTP) .. con mail() o mejor todavía con la classe: PHP Mailer (
http://phpmailer.sourceforge.net) te ayudaran.
Con esos ingredientes y un "modelo de datos" para que definas donde y como vas a gestionar tus "usuarios" y sus "mensajes" .. lo tendrías listo para empezar.
Un saludo,