Yo tambien tengo esa duda, aunque estoy seguro de queno por que segun yo funciona asi.
tecleas
www.pagina.com/news/ el mod mod_rewrite hace la reescritura a index.php?seccion=news y te la manda digamos es un alias dinamico pues acepta variables, pero ahora dime si tu tecleas directamente index.php?seccion=news como le va hacer el rewrite para cambiarte tu barrita de direcciones si para que suceda eso te tienen que direccionar hacia ese lugar