hola,
en las FAQ's tienes respuesta de como crear un instalador.
http://www.forosdelweb.com/f29/faq-s-del-foro-net-206048/
Sobre lo de instalar el Framework, yo lo que hago es crear un archivo .BAT, porque con el instalador del .NET creo que no se puede incluir.
Con el bloc de notas puedes crear el archivo .BAT. Sobretodo acuerdate de cambiar la extensión del archivo.
Y en él escribes primero el nombre del archivo del framework, y luego el nombre del instalador de tu programa.
@donetfx.exe
@Setup1.exe
@exit
saludos!