Cita: No, USB tiene la capacidad de proveer energía electrica (limitada) a sus dispositivos. Asi que es perfectamente posible que el cargador de la batería esté en el mismo cable USB.
El controlador USB está dentro de la tarjeta madre (99% de los casos) y la tarjeta madre está diseñada para soportar esa función, por lo que tu motherboard no corre peligro.
Es como un automovil: es mas probable que se dañe si lo usas, pero no por que sea dañino usarlo, sino por que es parte de el uso de un auto. Lo mismo sucede con tu equipo, la funcionalidad es soportada y disponible para cuando la quieras usar.