Hola caricatos, yo tengo la web hecha en php .. y hice el siguiente codigo ke funciona para el index.php
if ($msgCount[0] > 0) { ?>
<body onload="window.open ('popup.php','w1','top=290,left=380,titlebar=no,to olbar=no,width=300, height=215,directories=no,status=no,scrollbars=no, resize=no,menubar=no')">
<? }
Y este otro para el popup.php
<html>
<title>New message!</title>
<body>
Tiene nuevos mensajes privados!!!<br><br>
<a href="messages.php" target="_blank">Hace click aca para leerlos</a>
</body>
</html>
bueno no interesa tanto el code en php sino el javascript en si .. esto entonces lo del index.php lo dejaria igual que como esta ? lo unico que modificaria es el del popup.php y si es asi como lo haria ? le agrego el retraso de un segundo ?
Perdona por mi ignorancia pasa que no me llevo del todo bien con el javascript