Tu pregunta es un tanto críptica.
Lo que yo entiendo, quieres hacer click en un checkbox en una página web y que inmediatamente ejecute un .sh? Si es así tendrías que crear una llamada mediante javascript a una página en php, que a su vez se encargaría de hacer la llamada solicitando la ejecución del .sh.
Para ejecutar el .sh utiliza estas funciones:
http://es.php.net/manual/en/ref.exec.php
Si no es eso, concreta tu pregunta.