No tiene por qué ser gratis: si eliges una distro Red Hat Enterprise Linux, es de pago. Pero siempre podrás usar una distro gratuita, que las hay a cientos (por ejemplo, Fedora Core, o CentOS, si quieres algo similar a RHEL), que por lo general suelen incluir Apache, MySQL, y PHP.
Al hablar de software libre, recuerda siempre esto: que sea libre no quiere decir que tenga que ser necesariamente gratis. Si eres realmente libre, eso quiere decir que eres libre incluso para
cobrar por ello.