Si hablas de un sistema Win casero y sin ofrecer servicios... las considero apropiadas.
La cosa cambian cuando lo que quieres proteger es un servidor o una red, se consideran muchisimas cosas, desde detectar un scan de puertos, barridos de ping, configurar adecuadamente todos los servicios, publicar sólo la información necesaria, eliminar cuentas por default y muchas, muchas otros aspectos que hay que contemplar. Seguro que Alfon te amplia mucho más esta respuesta.
Un buen enlace a un lista de herramientas de seguridad es <a href='ir.asp?http://www.insecure.org/tools.html' target='_blank'>http://www.insecure.org/tools.html...</a>
Aunque ya se está haciendo vieja esa lista (se creo en Mayo de 2000) contiene una descripción de muy buenas herramientas y enlaces a sitios donde puedes descargarlas.
Saludos,
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Ricardo Abraham