Hola,
bueno mira además de lo que dice nuestro amigo una forma bastante usada y facil de proteger directorios es mediante HTACCESS.
aquí te dejo un par de links con info bastante sencilla, hecha un vistazo, espero que te sirva.
Saludos!
http://guias.ovh.com/HtaccessProtection/contenu.html http://bulma.net/body.phtml?nIdNoticia=656