Manejo de imágenes png con php

[robertogongora]

Estoy planeando un sitio que tenga imágenes transparentes, y que además pueda cambiarle de color de fondo a las páginas cuando yo quiera y que no se vea mal. Los gifs utilizan lo de la transparencia, pero no pueden manejar sombras y otras cosas como los png, pero éstos no los reconoce bien el explorador. Tengo la extensión gd y la ImageMagick instaladas, y quiero saber cómo puedo por ejemplo, si mi página tiene color negro de fondo, como crear un fondo negro a una imagen png transparente, y ponerla en la página como jpg o gif, etc.
Espero que alguien me pueda ayudar, Gracias.