se puede con css asignando a cada fila una clase diferente, este script eso es lo que hace
Código:
<html>
<head>
<script>
function pinta(){
cual=document.getElementById("tabla").rows;
for(a=0;a<cual.length;a++){
color(a);
}
}
function color(b){
if(b%2==0)
cual[b].style.backgroundColor="#ff0000";
else
cual[b].style.backgroundColor="#00ff00";
}
</script>
</head>
<body onload="pinta()">
<table width=200 height=300 border=1 id="tabla">
<tr><td>aaaa</td></tr>
<tr><td>aaaa</td></tr>
<tr><td>aaaa</td></tr>
<tr><td>aaaa</td></tr>
<tr><td>aaaa</td></tr>
<tr><td>aaaa</td></tr>
<tr><td>aaaa</td></tr>
<tr><td>aaaa</td></tr>
<tr><td>aaaa</td></tr>
<tr><td>aaaa</td></tr>
<tr><td>aaaa</td></tr>
<tr><td>aaaa</td></tr>
<tr><td>aaaa</td></tr>
</table>
</body>
</html>