Muy buenas:
Lo que te ocurre es normal, estas intentado crear un dominio que ya existe y está funcionando en el servidor B. Te dejo un link en el que se explica los pasos para instalar un servidor w2003 y transpasar el controlador de dominio desde un servidor con w2000 al nuevo con w2003. Por supuesto, antes de iniciar el proceso haz copia de seguridad del servidor de w2000, de su estado de sistema y si puedes crearle una imagen de disco mejor que mejor, nunca se sabe que puede ocurrir en las migraciones de dominio
Ya nos contarás como te fué. Un saludo.
Migracion de w2000 a w2003