El famoso "php.conf" sólo lo tiene Apache (parece que para 2.x versión) para Linux .. (o se usa bajo Apache para Linux)
http://www.activsoftware.com/apache/apache2php.cfm
Ahí dice que hay que crear dicho archivo ... Pero viendo la estructura .. creo que colocando dicho cógido en tu habitual httpd.conf serviría? (habría que probarlo, de hecho hace mención a que "incluye" dicho archivo en el httpd.conf .. vamos que es una forma tan sólo de "separar" configuración particular de algo como en este caso es PHP, como podría ser para usar Perl .. etc.. bajo ese servidor HTTP).
Supongo que con eso ya podrás subir tus archivos más pesados .. pero no obstante revisa tambíen o aclara:
Cuando dices "subir archivos a Mysql" .. ¿como gestionas tu archivo en Mysql? .. guardas el archivo en binario o sólo la referencia del nombre del archivo?.
¿Has comprobado si en tu /xyz sube el archivo temporal (con nombre aleatório y del tamaño esperado)?
¿Que mensaje de error obtienes en el proceso? (tal vez un "404 página no encontrada"? al superar dicho límite)
¿Has verificado que los cambios efectuados a tu php.ini se han realizado? (haciendo un phpinfo() lo puedes ver .. Sobre todo recuerda que cada cambio en tu php.ini implica que debes reiniciar tu servidor (al menos el servicio de Apache si lo instalastes PHP como módulo de este).
Un saludo,