Código:
<html>
<head>
<script>
function ocultar(){
setTimeout("borrar()",5000)
}
function borrar(){
document.getElementById("capa").style.visibility="hidden";
}
</script>
</head>
<body onload="ocultar()">
<div id="capa">
aaaa
<a href="javascript:borrar()">cerrar [ X ]</a>
</div>
</body>
</html>
en este caso el 5000 son 5 segundos