Hola, para manejar strings lo más cómodo es usar expresiones regulares, ya que te simplifican bastante el código y no tenés que usar tantas funciones...
Para aprender expresiones regulares fácilmente visitá los tutoriales de kidd
http://perlenespanol.baboonsoftware....ut/000072.html http://perlenespanol.baboonsoftware....ut/000074.html
Vas a encontrar la solución a tus problemas en esos tutoriales...
Para ejecutar desde el script CGI un archivo de PHP puedes hacerlo mediante la función system()
http://perlenespanol.baboonsoftware....ut/000055.html
Como verás en perlenespanol tenés una muy completa secciónde tutoriales...
Espero que te sirvan
Saludos