No entendí... pero lo dicho, Cuando quieres emplear un valor optenido de PHP en JavaScript debes imprimirlo en un lugar correcto... ó quizá quieras ejecutar algo de PHP que no necesariamente tendrá que ser impreso (como el forzar la descarga de un archivo).. de cualquier manera lo que haga PHP tendrá que ser del lado del servidor... No entiendo tu código.. pero sé que está mal que quieras emplear PHP "fuera de este"... sería algo así:
Código PHP:
function init()
{
btndetail();
pathwindow = window.location.href;
arr = pathwindow.split("/");
tmppath = "";
for(var i=0; i < arr.length-1 ; i++)
tmppath=tmppath + arr[i] + "/";
pathwindow = tmppath;
<?php include (../index.php);
$SourceDir;
$ruta = $SourceDir;
$inputdom->load($ruta+"/link.rdf");
?>
getURL(pathwindow + "php/ontology.php", loadOntologySvg);
first = true;
ruota = new director();
}
pero no podemos saber qué haces con load().. si te devuelve algún valor y para qué lo emplearias...