lo debes subir con extension .php, "miarchivo.php" y cuando quieras hacer un link a ses archivo solo tenes que ponerlo en el href:
<a href="libro.php">libro</a>
si pusieras <a href="libro.html">libro</a> el servidor buscará ese archivo guardado en su disco y no lo encontrara.
Cuando el servidor recibe una peticion de una pagina/archivo con estension php, lo que hace es usar un interprete para que la entienda, y este interprete la lee, y la transforma en codigo html. Por eso te digo que el servidor no encuentra la pagina html.