Si instalaste otra versión del .NET Framework, asegurate que la que está corriendo en el servidor es la versión 1.1, ya que el vs.net 2003 sólo trabaja con esa versión, si instalaste la versión 2.0, este por defecto instala en el IIS una utilidad para cambiar la versión de asp.net que estás usando, si no es así puedes utilizar
ASP.NET Version Switcher
Saludos