Hola compañero, mira tal vez estas mandando a llamar mal a la funcion cerra ventana :
<a href="javascript
:;" onClick="window.close();">Cerrar Ventana</a>
<a href="window.close();">Cerrar Ventana</a>
Cualquiera de estos es lo mismo y te cierra la ventana que tienes que cerrar, que es en donde estas ubicado, oseace la que imprimiste.
Y esta función para cerra la ventana despues de un tiempillo de estar abierta
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
function cerrar() { setTimeout(window.close,3000); }
</SCRIPT>
y el body quedaria haci
<body onLoad='javascript
:cerrar();'>
y listo no necesitas poner un boton de cerrar ventana auntomaticamente en despues del tiempo se cerrara la ventana, el tiempo tu lo configuras a tu gusto o lo que se necesite.
Espero te sirva y resuelva tu problema.