Fácil.
Supongamos que tus archivos .class los tienes en la carpeta "Mis clases", que se ubica en el Disco duro (C:\).
Primero abres tu consolita (command prompt. No sé porqué los que tradujeron Windows al español lo nombraron "símbolo del sistema"
...).
Ya ahí te abre en tu directorio de propietario o del usuario que tengas (C:\>Documents and Settings\[usuario]. Nos vamos al directorio raíz con cd\
Una vez en el directorio raiz, le damos cd Mis clases
Ya en el directorio "Mis clases", ya procedes como te dijo el compañero: jar cvmf manifest.txt archivo.jar clase1.java clase2.java