Hola emilio21, eso que mencionas lo puedes lograr con fscommand, para mas información al respecto de como abrir aplicaciones como word, excel, etc., te paso esta liga que habla acerca del tema:
http://www.19.5degs.com/element/216.php
Se me olvido decirte que aplicando el método que te planteo, solo puede ser logrado si tu archivo es exportado como proyector y no como .swf.
Ojalá te sea de ayuda.
