Definitivamente igual te recomiendo usar el
paginator de Jpinedo (

)...
Más... ¿de dónde sacaste el script que usas ahora??

... prueba cambiando este línea:
for ($i = 1; $i<($pages + 1); $i++) {; por esto:
for ($i = 0; $i<$pages; $i++) { ... solo adivinando, no entiendo bien tu consulta.
Suerte!