Una solucion un tanto simple, comprobas que el primer caracter sea un '-' si lo es multiplicas el acumulado por -1 sino sumas como siempre.
Código:
int numero(char numero[250])
{
int i,j,multiplicador,acumulado=0;
multiplicador=1;
for(i=strlen(numero)-1;i > 0;i--)
{
if( (numero[i]>=48)&&(numero[i]<=57) )
j=numero[i]-48;
acumulado+=j*multiplicador;
multiplicador*=10;
}
if (*numero == '-') { acumulado *= -1; }
else { acumulado += (*numero - 48) * multiplicador; }
return(acumulado);
}