Lo que también puedes hacer es modificar el web.config, en especial la sección browserCaps (Browser Capabilities), para que el motor de asp.net reconozca las últimas versiones de los navegadores, por defecto para las últimas versiones de IE genera HTML 4 y para los demás HTML 3.2, es por eso que tienes ese problema.
Aquí tienes links al respecto, para la configuración adecuada (se usan expresiones regulares):
http://aspnet.4guysfromrolla.com/articles/050504-1.aspx http://slingfive.com/pages/code/brow...eb_config.aspx
Saludos