Entonces, como dije (primer caso) es tema de un lenguaje del lado del servidor... él se encargará de recojer los checkboxes seleccionados y de mandar las sentencias a la Base de Datos que ocupas... no mecionas ni qué lenguaje usas (usarás) ni qué base de datos manejas... menciona esos datos y espera a que muevan tu post.. y podrías darle una buscada en su respectivo foro... seguro se habrá tratado.. es tema común.
Saludos!