Significa que están comprimidos con bzip2, en lugar de gzip. Bzip2 tiene una tasa de compresión mayor que gzip, pero demora un poco más y consume más recursos.
De todas maneras, al programa que está dentro le da lo mismo si lo comprimieron con bz2 o con gz
PD. Por lo general no es buena idea instalar desde un .tar.gz. Lee
este manual para mayor información.