FAT32 no es precisamente lo mejor en cuanto a integridad de datos.
El caso que comentas (los nombres raros) parece típico de cuando la tabla de archivos se corrompe.
Creo que con NTFS te librarás de ese problema, de cualquier manera, procura hacer los tests que mencionas de manera periodica (razonablemente frecuente, quiza 2 veces por año) pues nada dura para siempre.
Por cierto... si creaste la particion NTFS imagino que ya no usas winME (
), pues solo es soportado por NT, 2000 y superiores.