Dependiendo de la versión de mysql se puede hacer por sql directo o tienes que hacer un programa. Desde la versión 4.1 en adelante, puedes usar subconsultas, con lo que el borrado se hace relativamente sencillo. Sino es así te toca programar.
Los descriptores que quieres borrar, por subconsulta, lo puedes hacer:
Código:
delete from tabla_relacion
where id_descriptor in (select id_descriptor
from descriptor where id_catetoria=$categoria)
Un saludo.