... pués como lo explicaste no depende ni es comportameinto de Windows.. ni squiera del Navegador... aparentemente tu problema es de código JS (quizá un alert).....
pero entonces no sería una ventana... YA SÉ!!! UN
CONFIRM!!!
busca eso en tu código y prueba borrarlo... claro que si nos muestras esa parte de tu script sería mejor para poderte decir con certeza qué hacer... ahora solo estoy adivinando.
Concuerdo que una imagen vale más que mil palabras... pero "en este mundo" código es lo que nos ahorraria mucho tiempo... más sin embargo te diré que para mostrar una imagen debes tenerla en línea... hasta para eso hay FAQ en este foro:
http://www.forosdelweb.com/showthread.php?t=289547 