Bueno... el hecho de que te aparesca esa ventana es porque tú lo estás diciendo en tu código... y no podemos decirte con exactitud cómo quitarla ya que no conocemos tú código... pero...
.. sí es una ventana/pop-up como mencionas... deberá de haber también una página HTML para que se muestre.. vaya, con el mensaje que dices te aparece... en ese caso se llamará con un window.open al final de tus validaciones...
Suerte!