en la práctica no se, pero lo que puedo deducir pensando (considera que a esta hora - 5:30 a.m. - de la noche mi lógica esta un poco
) creo que sería más rápido la 2º opción porque habría menos consultas... pero todo depende de cuantas sean "destacadas"... =mente no creo que si va lento sea por eso... 1000 noticias no son "tantas" como para enlentecer significativamente por un campo booleano... aunque quizás alguien que sepa más que yo sobre esto te pueda dar más seguridad...
Suerte.