Intentalo de esta otra manera como una sola aplicación.
web.config MiAplicacion
<authentication mode="Forms">
<forms name=".ASPXAUTH" loginUrl="/Miaplicacion/acceso.aspx"
protection="All" path="/" timeout="30"/>
</authentication>
<authorization>
<allow users="*"/> <!-- Permitir a todos los usuarios -->
</authorization>
------------------------------------------
web.config Carpeta1
<authorization>
<deny users="?"/> <!-- Permitir Solo usuarios autentificados -->
</authorization>
-------------------------------------------
web.config Carpeta2
<authorization>
<deny users="?"/> <!-- Permitir Solo usuarios autentificados -->
</authorization>
Saludos