Bienvenido
buru:
Se te agradecería si fueces más explicativo con tu consulta. No nos das los medios para ver el por qué del comportamiento (poco entendible) que mencionas, además de que no veo por qué te referiste a este foro de PHP ya que lo que mencionas es puro y llano JavaScript.
Sí tu aplicación maneja PHP y JavaScript a la vez dinos cómo es que lo manejas... pero me adelanto diciendote que PHP solo puede imprimir código JS, el funcionamiento de este es totalmente independiente, así que primero verifica que este correcta tu función JS... ve el código fuente que te arroja PHP y comparalo con un código correcto para que veas el error.
Saludos!