Tema ya tratado... ¿buscaste?.
PHP solo puede mandar a imprimir esa función JavaScript que requieras... y si esta función va a depender de una variable PHP solo debes tener cuidado de imprimirla en el lugar correcto para que al final la estructura de tu JS sea la correcta. Ejemplo gráfico:
Código PHP:
<?php
$a=5;
$b=2;
$c=$a+$b; // cualquiera operaciones en PHP
echo "<script> for(i=0; i<$c; i++)"; // el ciclo dependerá de una variable PHP
echo "alert(\"Hola mundo!!!\"); </script>";
// igual pudimos salir de PHP y simplemente imprimir las variables independientemente.
?>
Espero haber ayudado... la verdad si buscas encontrarás el tema más expandido. Suerte!
