En Linux puedes usar ..
phpMyadmin (
www.phpmyadmin.net)
Es una aplicación en PHP .. se ejecuta bajo entorno web .. No es del todo "gráfica" pero si que va bien para administrar tus BD en general.
EMS Mysql Manager (
www.mysqlmanager.com)
Dispone de versiones windows y Linux. La versión para windows dispone de mayores funcionalidades.
Mysql Studio (Navicat) (
www.navicat.com)
Tiene version Linux también .. Pero parece que es más completa la versión windows.
Hay también GUI's en Java (alguno ví en su época) .. y tal vez alguno encuentres para Gnome o KDE (en GTK tal vez) .. usa google para ver más.
Un saludo,