Bienvenido al Foro
Te solicitaria que indiques si tienes otro disco que maneja windows.... por lo que asumo que este otro disco es extra.
Primero, debes ponerlo como esclavo, para ello cambia la posición del jumper a esa posicion (la indicacion de donde debe ir está el mismo está en el disco).
Asumiendo que usas WinXP, anda al Administrador de Discos (Mi PC, click derecho Administrar...) Te recomiendo que crees una particion primaria, por lo que con el espacio restante se creará una partición extendida y dentro de esta las unidades lógicas que desees.
Si necesitas ayuda extra... avisa.
Lo que no entiendo es que en un primer momento indicas 2 partciones y al final del mismo 3
SaludoX.
p.D. Interesante avatar...