Cuando alguien pulsa sobre el baner debes redirigirlo a otra pagina tuya, en esa pagina actualizar el contador de clicks y, una vez hecho eso, dirigirlo a la direccion que marcaba originalmente el baner.
por ejemplo:
si un baner llamaba a la direccion:
http://www.loquesea.com?cliente=132345
debes de sustituirlo por:
./mipagina.php?codigobaner=111
en mipagina.php haces el proceso de control u una vez hecho lo redireccionas a
http://www.loquesea.com?cliente=12345
Espero haberlo dicho claro, ya que me enrollo un monton y me lio yo solo