Hola jsoledia:
window.close() es para cerrar ventanas, pero debe ser un popup...
Si es el destino de un formulario con un target asignado, puedes abrir la ventana en el evento onsubmit con un nombre de ventana, y cerrarla desde la misma ventan o desde el mismo evento onsubmit del formulario:
<form action="destino.php" target="popup" onsubmit="ventana = window.open('', 'popup', ''); setTimeout('ventana.close()', 1000);" >
No estoy seguro de que sea lo que quieres.
Saludos
